Med syftet att modernisera och öka säkerheten för Saltsjöbanan har PE utfört en rad projekt för SL. Ett sidoprojekt var att ta fram planritningar och linjeplaner för att dokumentera hur banan ser ut.

Efter att ha projekterat för en upprustning av vägskyddsanläggningarna, som är de platser där bilar och cyklar korsar järnvägen, samt för nybyggnation av två bomanläggningar för gång- och cykeltrafik fick PE fortsatt förtroende. Detta resulterade i att vi fick ta fram säkerhetshöjande åtgärder som varnar om ett fordon står i en korsning längs rälsen, även kallat hinderdetektering. Vid Neglinge projekterade PE för att bygga om övergångarna för gång- och cykelväg i en S-form för att höja säkerheten. För att kunna höja turtätheten längs banan byggs två mötesstationer där tåg kan mötas och PE gjorde utredningar och systemhandling för de stationerna.  Ett sidoprojekt var att ta fram planritningar och linjeplaner för att dokumentera hur banan ser ut.

Många projekt utfördes parallellt längs banan när den hölls stängd under en begränsad period sommaren 2017, något som krävt noggrann samordning. I september öppnade banan igen efter renoveringarna – på utsatt tid.